갤런당 150센트 이상 160센트 미만이 할증료 1단계, 이후 10센트마다 1단계씩 높아지는 시스템이다. 지금까지 할증료는 유가와 연동한 단계가 정해지면 거리에 따라 7개 권역으로 나눠 부과했다.  미주, 유럽·아프리카, 중동·대양주, 서남아시아·중앙아시아, 동남아, 중국·동북아, 일본 등 7개 권역으로 나눠 같은 권역 안에서는 거리에 상관없이 할증료가 동일하다.
예컨대 인천 기점으로 미국 하와이는 7천338㎞(9시간), 로스앤젤레스 9천612㎞(11시간), 시카고 1만521㎞(12시간30분), 뉴욕 1만1천70㎞(14시간)로, 거리와 운항시간이 크게 차이 나고 항공유 사용량이 다르지만 유류할증료는 똑같이 붙는다.

이 같은 문제점은 2013년 국토교통부 국정감사에서 강석호 의원이 적극적으로 제기한 바 있다. 국토부는 8월17일 '국제선 유류할증료 인가 세부 심사기준' 지침을 확정해 국적 항공사에 내려 보냈다. 
유류할증료는 노선별 운항거리 및 운항시간에 따른 승객 1인당 유류소모량과 유류구입비, 유류 구입에 소요되는 제반비용을 종합적으로 고려한 합리적인 수준으로 산정돼야 한다고 명시했다.  또, 유가변동에 합리적으로 연동하도록 2개월 내 범위에서 유류할증료 변동주기를 정할 수 있다고 규정했다.  

국토부가 일단 기준은 발표했지만, 새로운 유류할증료 체계를 적용하는 데는 상당한 시간이 걸릴 예정이다.  현재 갤런당 150센트 이상, 10센트마다 1단계씩 할증료가 높아지는 시스템은 그대로 두고 7개 권역을 거리와 시간에 따라 세분화한다는 계획인데, 이를 위한 근거자료를 수집하고 분석하는데 시간이 필요하다는 것이다.  

국토부 관계자는 "국적 항공사들과 준비해 내년 중에 새로운 유류할증료 체계를 시행할 것"이라며 "정확한 도입 시점은 정해지지 않았다"고 설명했다.
강석호 의원은 "2013년부터 지적했음에도 유류할증료 제도 개선이 더디게 진행되고 있다"며 "국제선 승객이 형평성에 맞는 할증료를 낼 수 있도록 개선 작업에 속도를 내 달라"고 당부했다. 

한편, 공정거래위원회는 국내외 항공사 10여곳의 유류할증료 담합 여부를 조사하고 있다.  항공업계는 "항공유 한 달 평균값에 연동해 할증료를 부과할 뿐, 담합이 아니다"는 입장이다.